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1949年3月下旬，中共中央進駐北平，開始醞釀中國科學(xué)院，由郭沫若負責(zé)。
1949年6月，中共中央決定由陸定一負責(zé)籌備建立科學(xué)院，惲子強和丁瓚協(xié)助，錢三強和黃宗甄參與。
1949年9月，錢三強和丁瓚共同起草《建立人民科學(xué)院草案》，確定中科院基本框架。
1949年9月27日，中國科學(xué)院成立，為政務(wù)院下設(shè)單位，行使管理全國科學(xué)研究事業(yè)的政府行政職能。
1949年10月19日，中央人民政府委員會任命郭沫若為第一任中科院院長，陳伯達、李四光、陶孟和、竺可楨為第一任中科院副院長。
1949年11月1日，中科院在北京開始辦公，并將11月1日定為中國科學(xué)院成立日。
1949年11月5日，中科院接收國立北平研究院總辦事處及所屬的原子學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、植物學(xué)、動物學(xué)和史學(xué)6個研究，以及原中央研究院歷史語言研究所在北京的圖書史料整理處所。 [3]
1949年11月23日，中科院院址遷入北京王府大街9號；1950年6月23日，中科院院址遷至北京文津街3號靜生生物調(diào)查所原址；1966年，中科院院址遷往北京西郊友誼賓館北館；1970年7月，中科院院址遷往北京三里河路52號原國家科委舊址。
1949年12月16日，中科院接收靜生生物調(diào)查所，成立靜生生物調(diào)查所整理委員會。
1949年12月21日，中科院接收西北科學(xué)考察團。
1950年3月，經(jīng)政務(wù)院批準，中國科學(xué)院華東辦事處在上海成立；1955年2月更名為中國科學(xué)院上海辦事處；1958年11月，正式成立中國科學(xué)院上海分院。
1950年3月21日，中科院接收中央研究院在上海的化學(xué)、植物、動物和工學(xué)四個研究所，醫(yī)學(xué)和藥學(xué)兩個研究所籌備處，接收北平研究院在上海的生理學(xué)、藥物兩個研究所和物理學(xué)研究所的結(jié)晶學(xué)研究室。
1950年4月6日，在中科院接收中央研究院辦事處和社會、物理、氣象、天文、地質(zhì)5個研究所以及中國地理研究所。至此，中科院對原中研和北研的直屬研究所接收完畢。
1950年5月，首批15個研究機構(gòu)及3個研究機構(gòu)籌備處成立。中科院接收華北大學(xué)研究部歷史研究室。
1950年11月，中科院地質(zhì)研究所和古生物研究所被中國地質(zhì)工作計劃指導(dǎo)委員會接收；1955年1月，中科院將此兩研究所收回。
1950年9月-1951年2月，中科院先后接收云南農(nóng)林植物調(diào)查所、北研植物學(xué)所云南工作站、廬山森林植物園、中國西北植物調(diào)查所、國民黨政府國史館、中國海洋研究所。與中央軍委氣象局共同接收徐家匯觀象臺、佘山觀象臺。
1950年，研究機構(gòu)改組，把原有研究機構(gòu)，合并改組為17個研究所、臺、館，1個委員會，另設(shè)3個研究所籌備處。
1950年，中科院開始統(tǒng)一與審訂自然科學(xué)名詞；1955年11月15日，學(xué)術(shù)名詞統(tǒng)一工作委員會劃歸中科院領(lǐng)導(dǎo)。
1951年2月3日，中國科學(xué)院圖書館成立。
1951年6月，中國科學(xué)院與教育部聯(lián)合發(fā)布《1951年暑期招收研究實習(xí)員、研究生辦法》，成為新中國開始研究生培養(yǎng)的標志。 [4]
1952年8月28日，中國科學(xué)院東北分院（現(xiàn)中國科學(xué)院沈陽分院、長春分院）成立。 [5]
1954年3月，中央確立建設(shè)以中國科學(xué)院為中心的國家科技體系。
1954年9月21日，全國人大第一次會議通過《中華人民共和國國務(wù)院組織法》，不再把科學(xué)院列為政府部門。
1954年11月10日，國務(wù)院發(fā)出《關(guān)于設(shè)立、調(diào)整中央和地方國家行政機關(guān)及其有關(guān)事項的通知》，宣布中科院不再作為國務(wù)院的組成部分，但工作仍受國務(wù)院指導(dǎo)。
1955年5月12日，中國科學(xué)院研究生招生委員會成立。
1955年6月，中國科學(xué)院學(xué)部成立。首批選聘233位學(xué)部委員。
1955年8月，周恩來簽發(fā)頒布《中國科學(xué)院研究生暫行條例》。
1955年9月26日，中科院石油研究所學(xué)術(shù)委員會成立，各中科院下屬研究所開始建立各自的學(xué)術(shù)委員會。 [6]
1956年1月1日中科院院部機構(gòu)調(diào)整：（1）原“辦公廳學(xué)術(shù)行政工作”與原秘書處合并成學(xué)術(shù)秘書處，原辦公廳撤銷。（2）成立管理局。（3）成立聯(lián)絡(luò)局。（4）成立科學(xué)干部培養(yǎng)部。（5）原人事局改稱干部局。（6）撤銷原編譯局，將其部分工作并入科學(xué)出版社。（7）成立綜合考察委員會。（8）原四個學(xué)部名稱及職責(zé)均不變。
1956年7月，成立計算技術(shù)所等三個研究所籌委會，并建立半導(dǎo)體物理研究小組。
1957年1月1日，中科院機關(guān)調(diào)整：（1）撤消學(xué)術(shù)秘書處。（2）恢復(fù)辦公廳、計劃局，設(shè)立宣傳局和器材局。（3）干部培養(yǎng)部改為干部培養(yǎng)局。
1957年，中科院黨組成立“哲學(xué)社會科學(xué)部分黨組”。
1958年，中國科學(xué)院創(chuàng)辦長春光學(xué)精密機械學(xué)院（現(xiàn)長春理工大學(xué)），1971年該校劃歸第五機械工業(yè)部領(lǐng)導(dǎo)。
1958年7月，中國科學(xué)院原子核科學(xué)委員會成立。
1958年9月20日，中國科學(xué)院所屬的中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)在北京成立，中科院對中國科大實施“全院辦校，所系結(jié)合”的辦學(xué)方針。
1958年9月13日，中科院黨組成立中國科學(xué)院黨組新技術(shù)辦公室。
1958年12月，成立中科院廣州分院（1961年廣州分院與武漢分院合并成立中南分院；1969年中南分院撤銷；1978年5月恢復(fù)廣州分院 ）。
1960年1月，中科院獲準建設(shè)四個配備全套設(shè)備的工廠。
1960年7月2日，中國科學(xué)院新技術(shù)局成立。
1960年9月，由中國科學(xué)院蘭州分院開辦的甘肅科學(xué)技術(shù)大學(xué)正式開學(xué)，1961年8月合并到蘭州大學(xué)。
1961年6月至1962年底，進行大規(guī)模精簡，撤銷除新疆分院外的各省級分院和大批研究所，成立5個大區(qū)分院和華北辦事處。
1961年7月，“科學(xué)十四條”經(jīng)中央批準正式以中央文件下發(fā)執(zhí)行。
1964年9月，中國科學(xué)院在北京中關(guān)村試辦“中國科學(xué)院研究生院”；1966年“文革”開始后，研究生院停辦。
1964年10月16日，中國自行研制的第一顆原子彈爆炸成功，中國科學(xué)院為此做了大量關(guān)鍵性的工作。
1964年12月，趙九章致函周恩來。不久，人造衛(wèi)星研制工作重新上馬。
1965年9月，上海生物化學(xué)所、上海有機化學(xué)所與北京大學(xué)化學(xué)系合作，在世界上第一次用人工方法合成了具有較高生物活性的牛胰島素結(jié)晶。
1967年6月，中國成功爆炸第一顆氫彈，中國科學(xué)院對此做出了重大貢獻。
1967年7月30日，中國科學(xué)院革命委員會成立。
1967年11月28日，中國科學(xué)院地震辦公室成立。
1968年至1972年，中科院大批院屬機構(gòu)被劃歸國防部門，或下放地方，或撤銷。
1970年4月，以中科院為主研制的中國第一顆人造地球衛(wèi)星成功發(fā)射。
1970年7月1日，國家科委與中科院合并，成立新的中國科學(xué)院革命委員會。
1973年，國務(wù)院科教組的科技組并入中國科學(xué)院。
1975年6月20日，中科院將1968年交給國防部門三十個科研事業(yè)單位中的六個從國防部門劃回。
1975年7月-11月，胡耀邦等整頓中科院。
1977年5月，哲學(xué)社會科學(xué)部改稱中國社會科學(xué)院。
1977年8月，中國科學(xué)院和教育部受鄧小平委托召開科教工作座談會。
1977年9月18日起，中科院不再承擔(dān)原國家科委的職能。
1978年3月，全國科學(xué)大會在北京召開，中國科學(xué)院承擔(dān)了大會籌備的大量工作。
1978年3月1日，經(jīng)黨中央國務(wù)院批準創(chuàng)辦的新中國第一個研究生院——中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)研究生院在北京成立；1982年5月，中科院黨組批準同時使用校名中國科學(xué)院研究生院、中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)研究生院（北京）；2000年12月正式更名為中國科學(xué)院研究生院；2012年6月27日更名為中國科學(xué)院大學(xué)。
1978年4月，開始大規(guī)模收回和新建研究所，重建分院。同年，中國科學(xué)院在原有1所中國科技大學(xué)基礎(chǔ)上，接收黑龍江工學(xué)院（更名為哈爾濱科學(xué)技術(shù)大學(xué)）、浙江大學(xué)、成都工學(xué)院（更名為成都科學(xué)技術(shù)大學(xué)）3所大學(xué)。從1981年起，浙江大學(xué)、成都科技大學(xué)、哈爾濱科技大學(xué)不再屬科學(xué)院領(lǐng)導(dǎo)。
1979年1月，中國科學(xué)院學(xué)部恢復(fù)活動。次年10月，增補283位學(xué)部委員。
1981年3月6日，中央首次明確中科院辦院方針。
1981年5月11-20日，第四次學(xué)部委員大會召開，推選盧嘉錫任院長。
1982年3月，設(shè)立面向全國的中國科學(xué)院科學(xué)基金。
1984年1月，中央宣布中國科學(xué)院實行院長負責(zé)制。中科院試行博士后制度。8月8日，建立研究所開放日制度，每年在建院周年日（11月1日）前后開放一次，每次開放3天左右。
1985年4月1日，全面實行所長負責(zé)制。
1985年7月1日，中國科學(xué)院在全國率先建立了開放實驗室，首批開放2個研究所和17個實驗室。
1986年3月3日，王大珩等4位學(xué)部委員提出“關(guān)于跟蹤研究外國戰(zhàn)略高技術(shù)的建議”。“863計劃“隨即啟動。
1987年2月，周光召院長提出新的辦院方針，其后又提出實行“一院兩種運行機制”。
1991年，中國科學(xué)院增選210名學(xué)部委員，確定了規(guī)范化的增選制度。
1993年10月，國務(wù)院批準“中國科學(xué)院學(xué)部委員”改稱“中國科學(xué)院院士”。
1994年1月22日，推出吸引優(yōu)秀中青年科技人才的“百人計劃”。
1995年8月30日，中國科學(xué)院與上海市人民政府簽定全面科技合作協(xié)議。在此前后，科學(xué)院在本年內(nèi)還與新疆維吾爾自治區(qū)、浙江省、云南省簽訂了科技合作協(xié)議書。 [15-16]
1996年6月，中國科學(xué)院國家基因研究中心于在世界上首次成功構(gòu)建了高分辨率的水稻基因組物理圖。8月，由近代物理所和高能所合作，在世界上首次合成并鑒別出新核素镅-235。 [17]
1998年2月4日，江澤民總書記批示支持中國科學(xué)院先行進行國家創(chuàng)新體系試點。7月9日，知識創(chuàng)新工程正式啟動。
1999年，聯(lián)合有關(guān)部門啟動建設(shè)中國高速互聯(lián)網(wǎng)絡(luò)示范工程（CNCnet）骨干網(wǎng)。
1999年，中國科學(xué)院決定在全國20所高校設(shè)立"中國科學(xué)院獎學(xué)金"。 [18]
1999年，中科院與甘肅省簽訂戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2001年，自1992年起，空間科學(xué)與應(yīng)用研究中心等35個單位參與了“神舟”飛船應(yīng)用系統(tǒng)的研究工作。
2002年1月，路甬祥院長提出新時期辦院方針。
2004年3月12日，中科院與黑龍江省簽署全面科技合作協(xié)議。
2004年4月14日，中科院與云南省簽署全面科技合作協(xié)議。
2005年3月1日，中國科學(xué)院北京分院成立。
2005年7月6日，中科院和天津市簽署全面科技合作協(xié)議。
2006年3月，頒布《中國科學(xué)院章程》。
2007年3月16日，中科院與新疆簽署科技合作協(xié)議書。
2000年7月，中科院與山西省簽訂長期合作協(xié)議。
2008年9月26日，中國科學(xué)院與上海市人民政府簽訂《進一步深化院市合作協(xié)議書》，中國科學(xué)院上海浦東科技園同時揭牌。
2009年1月21日，中國科學(xué)院知識產(chǎn)權(quán)網(wǎng)建成開通。
2009年1月22日，中科院與廣東省簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2009年3月3日，中科院與青島市簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2009年3月6日，中國科學(xué)院與山東省人民政府在北京簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2009年3月10日，中科院與甘肅省在京簽署《全面戰(zhàn)略科技合作協(xié)議》。
2009年3月13日，中科院與西藏自治區(qū)、浙江省在京分別簽署《科技合作協(xié)議書》、《院市全面科技合作協(xié)議》。
2009年6月10日，《創(chuàng)新2050：科學(xué)技術(shù)與中國的未來》系列研究報告發(fā)布。
2010年3月12日，中科院與貴州省簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2010年3月31日，國務(wù)院決定中國科學(xué)院實施“創(chuàng)新2020”，創(chuàng)新2020隨即啟動。
2011年3月，白春禮院長提出“民主辦院、開放興院、人才強院”發(fā)展戰(zhàn)略。
2011年3月10日，中科院與遼寧省簽署全面科技合作協(xié)議。
2011年10月31日，中科院與河北省簽署全面戰(zhàn)略科技合作協(xié)議。
2012年3月，中科院分別與江西省、甘肅省在北京簽署《江西省人民政府與中國科學(xué)院共建江西省科學(xué)院協(xié)議》、《共同支持甘肅省科學(xué)院發(fā)展協(xié)議》。
2012年11月25日，中國科學(xué)院與廣西壯族自治區(qū)人民政府簽署科技合作協(xié)議和共同支持廣西科學(xué)院建設(shè)和發(fā)展協(xié)議。
2013年1月28日，中國科學(xué)院與中國工程物理研究院簽署戰(zhàn)略合作框架協(xié)議。
2013年7月17日，習(xí)近平總書記考察中科院，提出“四個率先”。
2013年9月30日，中國科學(xué)院與上海市共建的上海科技大學(xué)正式建立。
2015年7月28日，中科院與上海市簽署全面深化合作協(xié)議。
2016年8月16日，中國科學(xué)院與河南省人民政府在京簽署科技合作協(xié)議。
2016年9月21日，中科院與四川省簽署第四輪全面科技合作協(xié)議。
2016年11月19日，中國科學(xué)院與深圳市人民政府簽署在深合作辦學(xué)備忘錄，雙方將依托中國科學(xué)院深圳先進技術(shù)研究院合作建設(shè)中國科學(xué)院大學(xué)深圳校區(qū)。
2016年12月8日，中國科學(xué)院與廣東省人民政府簽署“十三五”全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2017年1月，中國科學(xué)院與江西省人民政府簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2017年11月10日，中科院與國家海洋局簽署戰(zhàn)略合作框架協(xié)議。
2017年11月22日，中科院與吉林省簽署科技創(chuàng)新合作協(xié)議。
2017年12月3日，中科院與深圳市簽署合作協(xié)議，共建深圳國際科技產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新中心。
2017年12月20日，中科院與福建省政府、福州市政府在福州簽署共建中國科學(xué)院大學(xué)福建學(xué)院協(xié)議。
2018年2月6日，中科院與陜西省簽署共建西安科學(xué)園協(xié)議。
2018年3月22日，中科院與軍事科學(xué)院簽署戰(zhàn)略合作框架協(xié)議。
2018年4月4日，中國科學(xué)院與重慶市人民政府在重慶簽署共建新型科教創(chuàng)產(chǎn)融合發(fā)展聯(lián)合體戰(zhàn)略合作協(xié)議，雙方攜手共建中國科學(xué)院大學(xué)重慶學(xué)院。
2018年11月4日，中科院倡議并聯(lián)合40多個國家、地區(qū)的科教機構(gòu)和相關(guān)國際組織發(fā)起成立了“一帶一路”國際科學(xué)組織聯(lián)盟（ANSO）。
2018年11月8日，中國科學(xué)院與香港特區(qū)政府在港簽署《關(guān)于中國科學(xué)院在香港設(shè)立院屬機構(gòu)的備忘錄》，推動中科院在港的研發(fā)工作。
2018年11月16日，中國科學(xué)院與深圳市人民政府簽署協(xié)議書，合作共建中國科學(xué)院深圳理工大學(xué)。
2018年11月18日，中科院與廣東省簽署共同推進粵港澳大灣區(qū)國際科技創(chuàng)新中心建設(shè)合作協(xié)議。
2018年11月21日，中國科學(xué)院分別與內(nèi)蒙古自治區(qū)、中國鐵路總公司簽署全面科技合作協(xié)議、戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2019年1月31日，中國科學(xué)院與中國核工業(yè)集團有限公司簽署全面戰(zhàn)略合作協(xié)議。
2019年5月6日，中科院與廣州市簽署了《中科院廣州市共建南沙科學(xué)城合作協(xié)議》和《中科院廣州市共建中科院明珠科學(xué)園合作協(xié)議》，并公布了擬入駐明珠科學(xué)園15個建設(shè)項目，其中包括中國科學(xué)院大學(xué)（國科大）廣州學(xué)院。
2020年5月13日，作為第一批倡議方，與國家發(fā)展改革委等發(fā)起“數(shù)字化轉(zhuǎn)型伙伴行動”倡議。
2020年9月24日，中國科學(xué)院哲學(xué)研究所正式揭牌。
2020年10月10日，中國科學(xué)院贛江創(chuàng)新研究院揭牌儀式在贛州市舉行。
2021年11月12日，Intel與中科院計算所結(jié)成戰(zhàn)略合作伙伴關(guān)系，雙方將共同建立中國首個oneAPI卓越中心。
2022年6月6日，國務(wù)院同意在廣東省廣州市設(shè)立華南國家植物園，中科院作為合作共建單位參與建設(shè)。
來源：摘自百度百科
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